Một trong những triết lý đào tạo của Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và PTNT II là “nhất thể hóa quá trình thực tiễn quản lý - nghiên cứu ứng dụng - đào tạo, đào tạo lại - tư vấn quản lý”. Vì vậy, hoạt động tư vấn được Trường quan tâm phát triển từ rất sớm.

Trong cơ cấu tổ chức của Trường hiện có 3 khoa chuyên môn, 2 Trung tâm có thể cung ứng dịch vụ tư vấn về các lĩnh vực cụ thể sau:

1. Khoa Quản lý nhà nước:
   1. Tư vấn cải cách hành chính công;
   2. Tư vấn xây dựng văn hoá công sở;
   3. Tư vấn xây dựng đề án thi nâng ngạch công chức, viên chức trong đơn vị hành chính, sự nghiệp và trong doanh nghiệp.
2. Khoa Quản trị doanh nghiệp:
   1. Tư vấn xây dựng chiến lược phát triển công ty, tư vấn tái cấu trúc doanh nghiệp;
   2. Tư vấn xây dựng hệ thống quy chế quản trị chức năng: Điều lệ, quy chế hoạt động của Hội đồng thành viên, Hội đồng quản trị, quy chế điều hành của Tổng Giám đốc, các quy chế quản lý tài chính, nguồn nhân lực, sản xuất, marketing…
   3. Tư vấn thực hiện các giải pháp hoàn thiện hoạt động quản trị Công ty, cải cách hành chính trong doanh nghiệp;
   4. Tư vấn lập, thẩm định và giám sát hoạt động dự án đầu tư.
3. Khoa Khuyến nông và PTNT:
   1. Tư vấn lập và thực hiện đề án nông thôn mới cấp xã;
   2. Tư vấn lập, thẩm định và giám sát hoạt động dự án phát triển nông thôn;
   3. Tư vấn chuyển giao mô hình khuyến nông, công nghệ sau thu hoạch.
4. Trung tâm Ngoại ngữ, tin học DMA:
   1. Tư vấn xây dựng hệ thống thông tin quản lý;
   2. Tư vấn cài đặt, ứng dụng phần mềm quản lý;
   3. Tư vấn các giải pháp ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý, điều hành đơn vị hành chính, sự nghiệp và doanh nghiệp.
5. Trung tâm tư vấn và chuyển giao công nghệ quản lý: thực hiện vai trò Ban quản lý các dự án tư vấn do Trường thực hiện với các đối tác.

Một số đối tác của Trường trong lĩnh vực tư vấn: các đơn vị thành viên của Tập đoàn CN Cao su Việt Nam (Công ty Cao su Dầu Tiếng, Phú Riềng, Chư Prông, Eah’Leo…), Tổng Công ty Cà phê Việt Nam, Tổng Công ty Thuỷ sản Việt Nam, Tổng Công ty 15 (Bộ Quốc phòng)…

Các hợp đồng tư vấn đã thực hiện được các đối tác đánh giá có tính thiết thực, hiệu quả và là cơ sở để Trường tiếp tục đồng hành với đối tác bằng những chương trình hợp tác tư vấn trong tương lai.